Die Stephani-Kirche war die erste Pfarrkirche am Ort und zur Gründungszeit der Academia Julia für mehr als hundert Jahre auch Universitätskirche. An höchster Stelle der Stadt gelegen wird sie daher auch "Ecclesia in monte" (lateinisch für "Kirche auf dem Berg") genannt. Aller Wahrscheinlichkeit nach lag bei der Kirche ein Wik, ein alter Handelsplatz, am dem die Fernhändler auf ihren jährlichen Reisen Handel betrieben. Daher stammt vermutlich der Name St. Stephani, da Stephanus u.a. der Schutzheilige der Fuhrleute ist. Es gibt aber noch einen weiteren möglichen Ursprung: Helmstedt gehörte einst zum Bistum Halberstadt mit Schutzpatron Stephanus, daher gibt es in der Region zahlreiche Stephanus- oder Stephani Kirchen.

Die heute dreischiffige spätgotische Hallenkirche ist vor 1300 erbaut und Anfang des 15. Jahrhunderts weitgehend erneuert worden. Hier wurde sie mit dem mächtigen Westwerk versehen. Der geplante Turmbau wurde nie ausgeführt.

Die Kirche enthält eine wertvolle romanische, gotische und Renaissance-Innenausstattung sowie bedeutende Grabdenkmäler aus der Universitätszeit. Das über 400 Jahre alte kelchförmige Messing-Taufbecken mit Zirbelzapfen-Verzierung ist eines von vier Taufbecken dieses Typs. Die Renaissance-Kanzel gilt als eine der ältesten protestantischen Kanzeln und ist reich dekoriert. Der barocke Hochaltar, die Mondsichelmadonna, das spätgotische Kruzifix sowie viele Grabplatten und -denkmäler sind sehenswerte Ausstattungsgegenstände.